AI · Bioinformatics · Multi-Platform

BioClaw
你的专属
AI 生信助手

部署在群聊中的 AI 生物信息学研究助手，支持序列比对、蛋白结构渲染、测序质控、文献检索等常见分析任务。

快速开始
BioClaw · agent session
$ @BioClaw BLAST this sequence against nr
 
▶ Running BLAST+ ncbi/nr
  query_length=248aa · e-value=1e-5
 
✓ Top hits returned
  1. TP53_HUMAN  Score=520  E=0.0
  2. TP53_MOUSE  Score=498  E=0.0
  3. TP63_HUMAN  Score=312  E=2e-89
 
$
PyMOL 渲染完成
FastQC 报告就绪
多平台支持

支持主流群聊平台一键接入

支持微信、飞书、企业微信、Discord、QQ 等主流平台。
部署后即可在群聊中直接调用分析功能。

平台接口配置 → docs/CHANNELS.md · 本地网页部署与日志追踪 → docs/DASHBOARD.md

功能

常见生信分析，开箱即用

支持多种常见生物信息学分析场景，通过自然语言交互即可完成，无需编写代码。

🧬
01

工作区诊断

自动识别工作区文件，推荐最佳分析方案。

↗
🔬
02

FastQC 质控

对 FASTQ 文件运行 FastQC，自动生成质控报告。

↗
🔍
03

BLAST 比对

输入蛋白序列，自动在 NCBI nr 数据库中进行比对。

↗
📊
04

火山图

上传差异表达数据，自动绘制火山图并标注关键基因。

↗
🧪
05

结构渲染

输入 PDB ID，通过 PyMOL 渲染蛋白结构并返回图片。

↗
📚
06

文献检索

检索 PubMed 文献，返回结构化的论文摘要信息。

↗
⚗️
07

氢键分析

可视化展示配体与蛋白质之间的氢键相互作用。

↗
🎯
08

结合位点

展示配体 5Å 范围内的关键残基分布。

↗
工具与技能

预置丰富的生信工具与分析模板

运行环境基于 Docker，预装了主流命令行工具和 Python 库。
内置 25+ 个分析技能模板，支持自然语言直接调用。

分析技能

25+ 个分析技能，持续开发中

更新中

分析流程 & 工具

bio-tools blast-search sequence-analysis pubmed-search sds-gel-review agent-browser

组学 & 结构

scrna-preprocessing-clustering cell-annotation chip-seq atac-seq differential-expression proteomics metagenomics structural-biology

数据库 & API

query-alphafold query-clinvar query-ensembl query-geo query-interpro query-kegg query-opentarget query-pdb query-reactome query-stringdb query-uniprot
🚀
更多技能持续开发中
更多分析流程、数据库对接和可视化功能正在开发中，欢迎关注仓库获取最新进展。
架构

系统架构

基于 NanoClaw 框架构建，每个课题组运行在独立的 Docker 容器中，生信工具环境开箱即用。
核心引擎采用 STELLA —— 一个面向生物医学的自进化多模态 Agent 框架。

Chat ──► Node.js Orchestrator ──► SQLite ──► Docker Container
│
Claude Agent SDK
│
Bioinformatics Toolbox
BLAST+SAMtoolsBWAPyMOLFastQCminimap2scanpyPyDESeq2BioPythonpandasmatplotlibRDKit
容器隔离 — 每组独立 Docker 环境
文件通信 — 结果通过文件系统回传
平台无关 — 飞书 · 企微 · Discord · Slack · 微信 · QQ · 本地网页
快速上手

快速部署

环境要求：Node.js 20+ 和 Docker Desktop。支持 Anthropic API 与 OpenRouter。

$git clone https://github.com/Runchuan-BU/BioClaw.git && cd BioClaw && npm install && npm start
完整部署指南 → GitHub README ↗
引用

引用方式

BioClaw 基于 STELLA。如在研究中使用了 BioClaw，请引用以下预印本。

BibTeX
@article{jin2025stella, title={STELLA: Towards a Biomedical World Model with Self-Evolving Multimodal Agents}, author={Jin, Ruofan and Xu, Mingyang and Meng, Fei and Wan, Guancheng and Cai, Qingran and Jiang, Yize and Han, Jin and Chen, Yuanyuan and Lu, Wanqing and Wang, Mengyang and Lan, Zhiqian and Jiang, Yuxuan and Liu, Junhong and Wang, Dongyao and Cong, Le and Zhang, Zaixi}, journal={bioRxiv}, year={2025}, doi={10.1101/2025.07.01.662467} }
📄 bioRxiv 📑 arXiv 2507.02004
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